广渠门和德胜门之战后，阿巴海见明军反抗激烈，且冬季战马掉膘严重，不利再战，便统帅后金军主力移师至南海子驻扎，南海子本为明代皇家猎苑，草木丰盛、野物众多，尽为后金军所获后，后金军的战力士气都得到了极大的恢复。
崇祯皇帝自然是不愿意见到后金军在京师门口恢复战力的，便再三要求民科军事专家派兵收复南海子，但民科军事专家除了伸手跟明廷要赏银外，只就地招募了五百士兵去南海子，还恬不知耻的声称给后金军造成了不小的损失，“后金军稍退”。
不过，由于在广渠门之战中基本没有战果，所以民科军事专家不好意思再三提议“行款”的建议，但因为口风不紧或有意外传、试探舆论风向的缘故，关于民科军事专家和部分东林党高层----诸如内阁大学士钱龙锡等----正在筹划与后金议和的消息还是在北京城内闹得沸沸扬扬，不说尽人皆知吧，至少该知道都已经知道了。
对于民科军事专家的这一系列奇怪的行为，明廷上下由最初的信任，转为了怀疑，到最后彻底变成了担心，所以，十二月一日，崇祯帝在平台召见时，下令逮捕了民科军事专家。
在逮捕时，崇祯皇帝为了避免冤假错案，特意给民科军事专家和一旁陪伴的辽镇大将祖大寿以解释的机会，可是非得民科军事专家没有能做出应有的解释，而且一旁的祖大寿更是不知道该说什么才好。
于是，民科军事专家便在劫难逃了----当日，崇祯皇帝下民科军事专家诏狱。
随后，崇祯皇帝命令满桂和祖大寿分别统领辽镇兵马，但辽镇兵马又怎么可能听从外系将领调派呢，所以，祖大寿回去后跟其他辽镇将领一商量，便带着辽镇兵马逃离了北京战场，真正验证了什么是动如脱兔，也就是后来孙承宗去信反复安慰，并说明不会再派其他人来指挥辽镇兵马，祖部才没有一口气逃出山海关外，但辽镇兵马至此再也没有加入过北京保卫战，就那么远远的坐观，各地勤王之师的到来、奋战、被歼以及成千上万的京畿百姓被劫掠、被屠杀。
辽镇兵马溃逃后，京畿附近的兵力非常有限，但此时崇祯皇帝却犯下大错，强迫兵力不足的满桂出击，满桂迫不得已，只好指挥黑云龙、麻登云、孙祖寿等大将，于十二月十五日出阵迎战后金军，结果全军覆没，其中满桂和孙祖寿战死，部将麻登云、黑云龙被后金军活捉。
满桂战死的同日，在柳林、大井、芦沟桥方向作战的满桂的副将申甫以下七千人也悉数战没，眼见得最得力的部队覆灭，北京城内一日三惊。
满桂及申甫战败两天后，巡抚山东都御史耿如杞、总兵官张鸿功所率的援兵也在良乡被后金军击败----明军各部在崇祯皇帝的催促和指挥下，错误的实施了添油战术，结果只能是被后金军各个击破----当然，在消灭各路来援的明军的同时，后金军不可避免的遭受了一些损失，特别是马力上的损失，所以，在接下来的战斗中，后金军并没有能如期消灭马世龙部。
但马世龙部也未能给后金军带来更多的压力，这不，在接下来的时间里，后金军又先后夺取了固安、张家湾、香河、玉田等地，并大肆掠杀。
崇祯三年正月里，后金军开着手撤回老巢，但在撤退的路上，后金军又先后攻克了永平府城卢龙、滦州等地，并迫降了永平等地的守军，进一步给大明造成了沉重的打击和惨重的损失，但面对源源不断开来京畿的明军勤王之师，总体实力比较薄弱的后金军遂于当年二月，正式退出边墙----主要是随行蒙古各部抢够了，不想再打了----不过，阿巴海在撤退时还留了一个尾巴，派贝勒阿巴泰和齐尔哈朗坚守永平、迁安、滦州、遵化四城，以为下次进攻京畿的据点、出击地。
明廷当然不能忍受后金军队在自己眼皮底下长期驻守，所以后金主力撤走没多久，缓过劲儿来的明军就开始准备反攻，收复永平四城，但这是后话了。
崇祯三年三月，在确定后金军主力基本退出长城后，北京城终于取消了戒严状态，至此，崇祯己巳之役算是告一段落了。
己巳之役中，京畿地区的防御体系遭到重创或破坏，阵亡及被俘总兵多达六员（赵率教、满桂、孙祖寿、麻登云、黑云龙、朱国彦），损失兵力更是以数万计，此外，战争期间，兵部尚书王洽、工部尚书张凤翔、蓟辽督师袁崇焕、遵化巡抚王元雅、总理蓟辽保军务刘策等或死或下狱，可以说震动极大；再加上，京畿地区遭到后金的严重破坏，财政基础大受冲击，用元气大伤来形容，并不为过；因此，后人将其视作崇祯帝中兴之梦破灭的开始，大明由此一日日的走向了彻底衰亡。
是的，在己巳之役中崇祯皇帝犯下了很多错误，其中，就有一个现在看起来还不严重，但日后却导致了大明王朝覆灭的错误，那就是为了救急，明廷被迫采用了拆东墙补西墙的策略，在剿灭陕西“起义”军即将大获成功之际，将陕西明军主力调往北京救驾，从而使得明军在陕西进行的清剿行动功亏一篑，让各路“义军”得以逃脱生天，并更加活跃起来。
此外，因为过往跨省作战时经常性遭遇的补给困难及有意刁难，使得陕西等地明军并不愿意离省前往京畿地区----也因为后金军名头够响，陕西等地明军不愿意自寻死路----所以，山陕等地的勤王部队中出现了大量的逃兵。
这些哗变的入援兵为了逃避明廷的处罚，纷纷加入各路“义军”----这些拥有专业战斗技能的逃兵的加入，大大提高了“义军”的战斗力----再加上崇祯二年四月开始执行的裁撤驿站、整顿驿站秩序时的矫正过往，其所导致的失业驿卒加入“义军”浪潮，这场由饥民乞活引发的大起义，就此再难遏制了······