东林党与阉党之间的冲突，首先在熊廷弼的处置上爆发了。

根据天启二年四月的三法司会审，熊廷弼和王化贞都被判处了死刑，当时的解释是“若厚诛化贞而廷弼少及于宽政，不惟无以服天下万世之心，恐无以服杨镐、袁应泰之心矣”。

但问题是，这个判决下来后，天启帝当时没有批准，结果，各种幺蛾子便纷至沓来了。

首先，天启二年的六月，周朝瑞、惠世扬、萧基、赖良佐、侯震晹、刘弘化、熊德阳、江秉谦等东林党人立刻上疏弹劾兵部尚书张鹤鸣，称张鹤鸣支持王化贞、破坏熊廷弼三方布置策，属于同案犯，应该一起受罚。

接着，浙党成员、时任武英殿大学士的沈纮立刻出面弹劾时任刑部尚书的王纪，说什么王纪袒护熊廷弼，导致三法司会审结果没办法落实。

其实沈纮和王纪是老对头了，之前王纪就以沈纮阿附内宦，支持锦衣卫和内廷实施内操，跟蔡京没有两样，而弹劾沈纮，因此，沈纮现在这是择机报复，故意牵强附会，把天启帝没有做出决定，说成是东林党庇护熊廷弼。

天启帝显然很生气沈纮和王纪的互相攻讦，所以，让两人都回了老家，不过，熊廷弼的生死便成了东林党和其反对者角力的战场，却是不争的事实；尤其是首辅叶向高出于爱惜人才为由，决定重新进行三法司会审的决定，更是让这场角力变得火药味十足了。

天启二年十月，御史杨维垣弹劾熊廷弼在狱中和外人相见，又弹劾兵部员外郎顾大章受贿熊廷弼4万两白银以逃罪。

根据新任刑部尚书孙玮查明的事实显示，三法司会审熊廷弼时，只有顾大章以熊廷弼受到掣肘且熊廷弼有先见之言为由，建议判处王化贞死罪而熊廷弼戍守边疆，因此才有顾大章受贿熊廷弼4万两白银为熊廷弼脱罪说法，但这并非是事实，这份弹章纯粹是政治恶斗的结果，正所谓党同伐异。

然而，御史是可以在没有事实依据的情况下，风闻言事的，所以，杨维垣言者无罪。

也因此，接下来御史刘廷宣便如法效仿的提议快速处斩熊廷弼、杨镐等人。

鉴于刘廷宣的提案中没有王化贞和张鹤鸣，所以，同为御史的东林党人潘翼上疏认为内阁大臣和兵部尚书张鹤鸣也要承担责任；但天启帝还是不置可否。

天启三年二月，为了避免在京察中被黜落，不属于东林党的迁安籍御史郭巩把针对的矛盾进一步扩大到了当初举荐熊廷弼的御史涂世叶和周宗建等人。