鉴于建州女真实力过于强大，叶赫部纠集女真、蒙古等九个部落合兵三万，发起了对努尔哈赤的征讨。结果努尔哈赤以少胜多，击溃九部联军，追杀一百多里。此战彻底改变了改变了建州和海西之间的力量对比，为此后努尔哈赤统一女真奠定基础。而这个时候原本应在辽东镇守的明军，支持叶赫等九部攻打建州的辽东精锐全在朝鲜。

可以说女真人的崛起，就是钻了万历援朝，辽东明军主力不在辽东的大空子。

不仅如此，援朝战争极大的消耗了国力，“朝鲜用兵，首尾八年，费帑金七百余万，实用本色米数十万斛”，战争将万历前期张居正改革所积累的财富消耗殆尽，“三大征踵接，国用大匮”。

同时几年的战争下来，面对刀锋利刃、火气精良的倭兵，不少精兵猛将埋骨异国他乡，特别是当时比较精锐的辽东铁骑，缺兵少将、匮粮乏饷的十万明军仓促出兵，萨尔浒一战四路明军三路覆没，此后明廷征兵加饷，搞的民怨沸腾，内外交困，最终明亡清兴。

这场战争另一个受益者在日本，当时日本太阁丰臣秀吉病死，负责执掌政权的“五大老”下令全面撤军，战争正式结束。对于日本来说，这场战争其实仅仅是丰臣秀吉一个人的战争而已，而战争的失败也只是他一个人的失败，或者说是丰臣家族的失败而已。

由于丰臣秀吉的儿子丰臣秀赖年幼，作为五大老之一的德川家康开始专权。这引起了丰臣秀吉的心腹石田三成等人的不满，于是双方各自拉拢大名，在关原展开决战。支持石田三成的大名主要是小西行长、宇喜多秀家等西国大名，作为朝鲜之战的主力，他们的军力、财力损失极大；相反德川家康的嫡系军队在朝鲜之战中丝毫没有受到影响。

在关原之战之战中，石田三成的西军败北，而东军中拥护丰臣的大名实力也遭到削弱，丰臣家的时代宣告结束，德川家成为日本名副其实的新统治者。织田信长、丰臣秀吉，最终德川家康笑到了最后，成为“征夷大将军”，开创了统治日本两百多年的江户幕府。

而在这场战争中还有一个受益者就是朝鲜李氏王朝以及光海君李珲。说朝鲜李氏王朝受益很好理解，因为大明将他从亡国的边缘拽了回来，将李氏王朝在朝鲜的统治又延续了三百年之久。日本入侵朝鲜之前，朝鲜当时在位的国王名叫李昖，由于他的王后没有生下儿子，所以只能从庶子中选择继承人。光海君李珲年少之时，品行端正，勤奋好学，得到了群臣们的一致拥护，但他确是李昖的次子。而长子临海君虽然不学无术，但长子地位使他占据了“法理地位”。

壬辰倭乱后，长子临海君被俘，李昖仓皇之中册立次子光海君李珲为世子，自己则逃亡中朝边境，光海君李珲则权摄国事，招集军队抵抗，甚至亲临前线视察，因此赢得朝鲜军民的一致拥护。但权力面前无父子，这引起了李昖的反感，之后随着李昖嫡长子的出生，围绕着储位，朝廷内部开始了一场明争暗斗。

但凭借着在壬辰倭乱中积累起来的超高人气，光海君李珲继承朝鲜王位。光海君从被立为世子到登基的十四年间，明朝五次拒绝册封光海君。直到为了对付日渐强大的努尔哈赤，明朝才正式册封光海君为朝鲜国王。但明廷的态度对光海君来说无疑是奇耻大辱，在萨尔浒之战中只是派兵敷衍了事而已，事后还与后金达成“互不侵犯协议”。虽然明朝屡次派遣使者要求出兵协助，光海君执意不肯，甚至将传达大明皇帝圣旨的朝鲜使臣关在汉阳城外。直到朝鲜爆发宫廷政变，光海君被废除，几年后自尽身亡。