然而，当阮元的六十大寿结束之后，阮元还是重新投入了督院公务之中。这一日粤海关监督达三到了督院，不过达三此次前来，倒是并非为了海关事宜，而是来为江藩送一篇序文。
“阮总制，郑堂先生这部《国朝汉学师承记》，也托我写了一篇序文，今日便给总制送来了。其实不瞒总制，下官对于国朝汉学诸家，也一直颇有兴致，这次能看着郑堂先生把汉学诸家源流一一梳理得当，使后学得以一窥汉学百余年之迹，下官实在是赞叹不已，倒是现在，下官唯恐这篇序文文辞简陋，竟要让郑堂先生大作减色了。还有，总制在粤海关的时候，也帮下官将粤海关之前两年的关税清点得井井有条，下官也要谢过总制才是。”原来，正是因为达三之前，阮元曾经为他监管粤海关之事数月，达三方才与阮元相熟，后来又认识了江藩，便已与二人正式结为好友。
“哈哈，郑堂这部书，却也要多谢达监督才是。还有，我在粤海关的时候，最近两年的新账，我重新做了账本，达监督看着可还方便啊”阮元也向达三应道。
“是啊，不想总制算学之道，竟是一精至斯，这最近两年的账本，我看着可真是比嘉庆年间的旧账方便多了。还有，阮总制在粤海关代理监督数月，下官看来，竟是一钱未取，粤海关商税之外的盈余，总制也尽数转入了藩库，总制也真是大公无私之人啊。”达三向阮元称赞道。
“怎么我不过代理几个月的粤海关，还要从中取利不成”阮元却也笑道：“粤海关商税，本为公用，和私人无关，达监督又何必多出此言呢难道达监督那边，在海关关税中取些银钱，竟入私囊，方是理所应当吗”
“这……自然不是，阮总制，这粤海关经过您代理这两个月，下面的人哪里还敢造次啊他们不敢，下官我……我也不敢有逾矩之行啊”达三连忙陪笑道，不过话说回来，达三之言也是事实，阮元在粤海关数月，已经将粤海关数年入账清点清楚，若是达三真要滥行损公肥私之事，账目必然出现差别，到时候只要自己被揭发，而阮元拿出原本的旧账与他对峙，自己必然会被阮元揭穿，于是，在阮元监视之下，达三却也只得严行约束下属了。
“哈哈，达监督，我也没说你什么不是啊”阮元自也清楚，自己对粤海关收入已经多有了解，一旦道光所知与自己所知不符，达三决计讨不了好去。便也放心，对达三笑道：“其实粤海关有些事，我毕竟只是代理，不能有长治久安之法，但你约束下面官吏，却要明白，海关多余的税入，若是只分给海关公务，贴补三十小关之用，却也无妨，可我们担心的，还是海关下属吏员，竟把朝廷国税的盈余，转进自己的腰包啊国家的税，最后能够用到国家之事上，便是好事，这一点达监督却也要心里有数才是。”
所谓“三十小关”，乃是这时粤海关在广东设立的，广州以外的一些关口，清代西洋商人对华贸易，长年被集中在广州一地，但华商出海进行内海贸易，又或下南洋的贸易，则不限于一二港口，整个粤海关之下有三十处关口可以让船只出航，但除了广州之外，其余关口无论规模还是收入，都远远不如广州的粤海关总署，是以吏员收入微薄，难免会有陋规之事，阮元之言，也是为了让达三尽量避免陋规私用。是以达三听了阮元之语，也当即向他答道：“是啊，阮总制说得不错，这海关税入之事，只要是下官做粤海关监督，一定不会让下属肆意妄为的。”
“那好，我如今正好还有一件事，希望达监督能够帮我一同办理。”阮元也对达三续道：“去年咱们确实已经将叶恒澍一伙私贩鸦片之人捉拿归案，但除了他们，那种三五人、十余人一伙的私贩之辈，如今看来却还有不少，而且论私贩鸦片总数，这些小贩子加在一起，其实要比叶恒澍一伙人多很多。我也想着能够多派绿营，重治私贩之人，所以也需要各处小关为我们提供线索，若是只有我一人在广州，这些事可不好办啊”
“这个自然，下官今日回去，就告诉各处关口，若是发现走私鸦片之人，立刻向督院上报，就请阮总制放心吧。”眼看阮元也愿意相信自己，达三当即同意了阮元的建议。
臣阮元到任以来，即于营伍内严查惩办，如龙门协兵丁吴李茂等，盘获梁胜和船内鸦片私卖分赃，署副将谢廷可、署守备夏秀芳等讳匿不报。又水师提标把总詹兴有拿获鸦片，商同兵丁陈有光等，得赃纵放，詹兴有畏法服毒身死。香山协记委孙朝安包送李阿蚬鸦片船被获。碣石镇千总黄成凤盘获不识姓名船户鸦片，商同署守备曾振高讳匿变卖分肥等案……将署副将谢廷可拟发军台，署守备夏秀芳、曾振高、千总黄成凤均拟发新疆，记委孙朝安发近边充军……据西炮台拿获徐亚潮烟膏一起，又拿获陈亚桂鸦片一起，黄埔口拿获林绍修鸦片一起，佛山口拿获许时兴鸦片一起，澳门口拿获鸦片一起，此起有八百余斤之多，并经臣阮元提烟当堂销毁在案……惟外海地方，潜行贩卖，越入各省，不能保其必无……
阮元与达三合力清剿鸦片，前后也一度得到不少收获，将许多私售鸦片之人，甚至绿营之中协助私贩鸦片的中下级军官，全部拿捕到案，经阮元严加审理，大多协助走私鸦片的军官都受到严惩，阮元也将缴获鸦片尽数销毁，不使鸦片流毒于外。仅道光三年阮元与达三联名上奏的一篇奏疏之上，便前后言及五次军官协同走私，及另外五次拿捕鸦片走私贩的相关情况，阮元在清剿鸦片一事之上，显然是尽心尽力。
然而，即便如此，从整个南海的视角反观阮元清剿鸦片之行，却不得不说，阮元所做出的种种努力，收效甚微。
伶仃洋的海面甚为宽阔，数百里海域之中，星罗棋布的分布着数百座小岛，自澳门洋面一路向东，铺散开来，这些小岛除了几处偏大岛屿尚有岛民长期捕鱼种薯为生，不少小岛都颇为荒凉，更有许多山岛，因岛上大多地方都是山地，百姓也不愿前去居住。既然百姓不多，官府也便往往对这些岛屿睁一只眼闭一只眼，听之任之。若是寻常时日，官府对伶仃洋缺乏重视，尚不足酿成祸患，可是道光初年的伶仃洋海域，却与之前成百上千年大为不同了。