嘉庆行围之后，也南下回到了承德避暑山庄。阮元又在承德住了数日，其间嘉庆几乎每隔一日，便要阮元入对一次，阮元也将浙江政事尽数向嘉庆禀明。这一日想着浙江之事已然上报完毕，便向嘉庆提出南归，谁知嘉庆却道
“阮元，这几日听你讲浙江政事，你办得都不错。若是朕身边也多几个你这样尽心职守，又有素有除弊之策的能臣，该有多好啊？也罢，你回去了，才好办事。不过朕这里另有一事，想听听你的意见，你北上之时，可见黄河河口淤塞，清口洪水不止，漕船窒碍难行？”
“皇上圣明，清江浦的情况，确如皇上所言，黄河水平地溢出数丈，漕船一时不能通行，听闻当时河督已然前往挑挖河口，却不知现下如何。”阮元道。所谓“清口”指的是清代黄河、淮河交汇之处，明清两朝在该处设立清江浦镇，后改为清河县县治，亦是清中叶最为繁盛的城镇之一。
“是吗，朕前日接到奏报，河口疏浚尚需半月功夫，看来这漕船抵京，最快也要九月了。”嘉庆也有些无可奈何，叹道“朕问过你这一科的其他进士，当时会试便有一题涉及治河，却不知这河漕之事，你可有自己的看法？”
“回皇上，臣在河道之时不多，也从未参与漕运之事，如此应答皇上，只恐筹划不周，反而误了大事。”阮元道。
“你若能回杭州之后，对此事多加分析也好，切不可空言不知，竟对此不管不顾。”看起来，嘉庆似乎是对其他大臣有些不满，竟对阮元也一并严厉了起来。可随后嘉庆又问道“不过，朕这几年力求直言，虽说上言之人尚不及朕意，却也有不少。朝廷里的给事中萧芝，平日进谏最多，他前日上了一道奏疏，大体内容是既然漕运一时不通，可否让浙江再行采买些粮食，之后走海路运送到京城，这样可补漕运之不足，若是漕运再有如此窒碍，京城也不致缺粮。你正是浙江巡抚，朕也想听听你的意见。”
“皇上，若如此说来，臣以为萧给谏采买之策，其实难行，但若是分出部分漕粮，改走海路，似乎亦有可行之道。”阮元沉思半晌，道“如今浙江账目，只是初有起色，新账虽说无缺，旧账却刚刚开始赔补，更兼蔡逆复叛，或许海上也要用钱。如此收支现状，若再行采买粮食进送京城，更是难以承受，而且海道运粮，也需要足够坚固的海船，国朝百年未有海道运粮之事，自然也没有现成的海船去运粮食，或许只能向商人征收粮船，这不仅需要开支，更需时日筹集。是以买粮北运，臣以为浙江眼下实无余力。但海运漕粮，或许是个办法，眼下浙江商人来往辽东的海船亦自不少，这样看来，若能依式打造大船，分出部分漕粮依海道北上，并非全不可行，只是……只是海运之事，所涉细务犹多，臣不敢妄下定论，还请皇上给臣些时日，臣可将先代海运之事取来看过，或许会有些裨益之处呢？”
“依你所言，这萧芝之言，是难以实行了。那朕将其中之事一一与他言明，驳了便是。但海运究竟是否可行，既然你已经这样说了，那朕也多许你些时日……就明年吧，明年年末，你将海运之策议定之后，再交给朕，今年漕运如此困顿，朕也不能不多想些办法了。”阮元见嘉庆许诺，也连称遵旨，眼看再无其他要事，便即退下了。
如此看来，摆在嘉庆和自己面前的难题，又要增加一个了……
阮元南下之前，正好王杰也向嘉庆提出了致仕归田，得到嘉庆允准，同在热河的刘墉、纪昀得闻二人都将南归，也是颇为不舍，便特意准备了一宴，为阮元和王杰送行。阮元眼看三老都已经须发斑白，精神亦自大不如前，也不禁有了些物是人非之感，不禁与三老多饮了几杯。
三老中似乎也只有纪昀尚有些精神，热酒入肚，一时兴致盎然，对阮元笑道“伯元，老夫以前也都小看了你了，没想到你这骑射功夫，竟还有如此根底，看来皇上让你去浙江当巡抚，是真用对了人啦！只是可惜，你初入京城之时，老夫见你那《车制图解》便颇有章法，当时还想啊，若是你日后潜心治学，什么惠松崖戴东原，就算江南我那辛楣老弟，也决计不能望你项背！可你这又做学政，又做巡抚的，做学问未免耽误太多，只怕为学一道，日后在国朝是排不上名号喽。”
“我说老纪啊，你这人怎么哪壶不开提哪壶呢？”刘墉在一旁陪笑道“伯元在杭州建了个诂经精舍，你不知道？虽然伯元是没时日做学问了，可他这书院一成，多少有志于学，却求学无门的寒门士子，就此有了做学问的门径！这样说来，伯元虽治学不多，可他所作所为，却远超寻常治学之辈！若是日后史家，将我有清一朝学人逐一开列，伯元之名，当上承亭林梨洲，与松崖、东原、辛楣鼎足而立！至于你老纪，哈哈，你老纪留下什么学问了啊？”
“我说你这老儿也是奇怪，这世人皆言，我老纪以言语诙谐闻名，你倒好，现在学起我来了？怎么，你想跟我抢饭碗不是？我告诉你，就我那《四库总目提要》，将三代已降三千部经典逐一论述精当，凭这一条，后世学子治学，就不能绕开我老纪的提要！倒是你刘中堂，我记得上次去你家问你文集编撰之事，你可是支支吾吾，不敢回答我一句啊？”纪昀反唇相讥道。
“我的事不用我自己编，天下人自然清楚，你可知江宁坊间书肆，有《刘公案》弹词一段？那说的就是我！再说了，你拿四库提要说事，我且问你，这三千篇提要，有多少篇是你自己写的？要是这些都算在你名下，那伯元作《经籍籑诂》，集古来音韵训诂之大成，伯元一样可以凭此一书，成国朝学人之冠！”刘墉犹是不服。
“就算不是我写的，那些小辈若不得我指点润色，就他们那初稿，能登得上大雅之堂？”纪昀也不甘示弱。
“二位大人，学生却是觉得，这治学一事，要在求实，若能实事求是，便已足够，又何必在意后人的想法呢？何况国朝学问，以精博见长，却也艰深，后世学人想要入手，要比宋明之学多花许多时日。更何况，即便眼下，也多有人不学无术，空言经学无用，若是后人果然听了他们的迷惑，那咱们的学问，也就都要被埋没了啊。”阮元见二老力争不下，也出言为之调解，可不想自己多饮了几杯之后，竟也感叹起时事来。
“不可能，咱们的后学，绝不会都是瞎子！”纪昀道“空言理气心性，却不能深究理气心性为何物，不能从训诂中入手，那便是愚儒！若是后人一并如此，那后人也是愚儒！伯元，确实，历朝历代说下来，学问上能集大成的真儒，我看也没有多少，但也是不绝如缕！只要后人中有一二真儒，那老纪我相信，咱们的学问，也将永世不朽！”
可是说到这里，纪昀也不禁叹了口气，道“只是咱们这一代人啊，谦抑太过，平日有所进谏，辄焚其草，诗文结集者不过一二，大半都只得由他散佚。后人有所误解，也没办法。哈哈，伯元，听说你朱老师，前几年便将自己诗文结集，你已经帮他刊刻了是不是？这老鬼也真是精明，不像我老纪，这两年才把以前的文稿拿出来结集，看来日后我这学问，是要打不少折扣喽。”纪昀之语，其中深意，在坐四人也都清楚，是以心中会意，便即不言。
“先生对结集之事，自可放心，学生这一两年来，也帮不少人刻了文集，先生学问旁通百家，更能彰儒术之是非，辨流派之真伪。若先生需要，尽可将文稿拿来杭州，学生帮先生刊刻便是。”阮元安慰纪昀道。