九月十九日，清军以长江水师各营、太湖水师营、京口将军水师营等保留下来及重建的水师单位发起对舟山的登陆作战，由于清军水师不敢光明正大的越过杭州湾从宁绍等较近的地方进击昌国本岛，所以清军被迫从松江出发，水程远了不说，还在出航后不久为郑军通报船所查侦。郑军舟山分舰队旋即调集全部软帆炮船扬帆出航，在滩许山、大白山西北洋面顺利截击了清军舟船。最终，郑军以船大胜船小，以炮多胜炮少，一举击沉击毁清军船只二十九只，俘获另外十五只及船上一千余官兵，其余清军舟船四下逃窜，利用郑军追击同伴时不克分身之际才得以逃出生天，不过清军强行登陆昌国、岱山等地的图谋就此泡汤了。

水师的再次惨败并没有打消康熙的战意，他很宽宏大量的饶恕了指挥海战的京口副都统等人，但是到了申时二刻，一封来自广州的加急军报传入杭州行宫，顿时引起了这位“圣君明主”的滔天怒火。康熙一改两个时辰前宽仁的嘴脸，下令抓拿吴兴祚进京受审，以广东巡抚朱弘祚署理两广总督、广东藩司江有良署理巡抚，调江宁将军博霁为广州将军，升江南陆师提督缪齐纳为江宁将军。

等心急火燎的处置完广东官场之后，心知广东形势不稳的康熙思前想后，权衡了许久，终于决定调川中绿营重庆等镇入鄂，调云贵绿营临元、安义等镇入桂，调鄂省绿旗兵郧阳镇、宜昌镇及广西、湖南剩余绿旗兵援粤

九月二十一日清晨，钱塘江上的薄雾刚刚被升起太阳所驱散，郑军舟山分舰队的八艘二等巡航船便出现在乍浦港外---所谓二等巡航船就是郑军装备数目最多的三千料级双桅软帆炮船，根据郑克臧的亲自制定的划分标准，三千料至四千料的双桅炮船被称为二等巡航船，五千料、六千料的三桅炮船被称为一等巡航船，只有七千料以上的双层炮甲板炮船才能被称为巡洋舰，至于更高一级的战列舰，现在还只存在于马原等船场大使们的脑海里。

一见到郑军的巡航船出现，浙省在苏浙之战后抢筑的南湾炮台和乍浦炮台便拼命开火，猛烈的炮火在江面上形成一道道冲天的水柱。尽管清军的炮火悉数失的，但身处岱山号】指挥的颜道及却不愿意用木质炮船跟清军的石砌炮台对抗，于是便引船南下，并在清军的视线之外继续向钱塘江上水域游行驶而去。

乍浦方面的清军并不了解郑军的行动，一见郑军从望远镜中消失不见，便洋洋自得的草书一封报捷的文书，宣传击退郑军水师袭扰并造成郑军舟船多数起火。然而骑上快马的使者刚刚自螺蛳门（清泰门）进入杭州城，望江门和候潮门外便响起了炸雷一般的炮声。

虽然杭州市民一年多才经历了苏浙之战的洗礼，然而苏浙之战中郑军水师并没有上溯至杭州城外并实施炮击的战例，突如其来的炮声和因为郑军炮击而引发的火势一下子让承平多年的杭州人感到了世界末日的降临。

哭爹喊娘的杭州百姓扶老携幼带着仅有的财产纷纷向城外逃去，除了正在遭到炮击的望江门、候潮门以外，百官（武林）、坝子（艮山）、正阳（凤山）、螺蛳（清泰）、清波、(涌金、钱塘、太平（庆春）诸门塞满了逃难的百姓，以至于原本准备紧闭城门防备郑军乘虚进攻的清军始终关不上城门，最终只能用棍棒驱散百姓了事。

郑军炮击了半刻钟后，随着康熙南下的清军御营炮队这才反应过来，纷纷以口径最大、射程最远的武成永固大将军炮与江上郑军对射，见到清军发炮还击，并不在意是否能杀伤多少清军的颜道及便主动撤出了战斗。

尽管打跑了郑军水师，但让康熙面临炮火的威胁实在是一宗大罪过，浙江总督范承勋以下浙省官员惶恐不安的跑去向康熙请罪，同时恳请康熙移驾苏州，以策万全。然而康熙却犯了倔脾气，非要待在杭州不可，范承勋只好请随军的明珠出面劝说。

明珠当然明白好名的康熙是担心有人说他畏战逃遁，于是进言请康熙南下绍兴。康熙闻之大喜，毫不犹豫的便予以采纳，当晚，康熙的御驾便渡过钱塘江抵达萧山，随后两天，随行的八万多清军纷纷南下，其中江西、安徽等地的绿营将直接经由金华开往仙霞关一线，而山东、直隶等地的绿营也将南下温台以加强浙南攻势。

而就在清军次第南下之际，入粤的郑军先后克复惠州各县，兵锋直指广州城下。还不知道自己已经被撤职查办的吴兴祚顾头不顾腚的抽调高雷廉等地的清军入卫，琼州的两师郑军乘机在雷州半岛登陆，随即席卷粤西南，与东路郑军形成了包夹的势态。